Program Studi yang ada di MAN 1 Kulon Progo yaitu:
- MIPA Reguler
- IPS Reguler
- IIK (Ilmu-ilmu Keagamaan)
- MIPA plus Keterampilan Elektronika
- IPS plus Keterampilan Tata Busana
- IPS plus Keterampilan Multimedia
Program Studi yang ada di MAN 1 Kulon Progo yaitu: