Berikut nama-nama Kepala Madrasah yang telah memperjuangkan perkembangan dan kemajuan MAN 1 Kulon Progo beserta masa tugasnya.
| No. | Nama Kepala Madrasah | Masa Tugas |
| 1. | Drs. Ismady | 1978 – 1989 |
| 2. | Drs. Madsardan | 1989 – 1996 |
| 3. | Drs. H. Sukarno | 1996 – 2001 |
| 4. | Drs. H. Muh. Hasyim | 2001 – 2002 |
| 5. | Drs. H. Bardjo | 2002 – 2004 |
| 6. | Drs. H. Nur Abadi, MA. | 2004 – 2005 |
| 7. | Dr. Subiyantoro, M.Ag. | 2005 – 2010 |
| 8. | Drs. H. Jazim, M.Pd.I. | 2010 – 2013 |
| 8. | Drs. H. Suharyanto, MA. | 2013 – 2016 |
| 9. | Khoiriyatun, S.Pd., M.Sc. | 2016 – 2019 |
| 10. | H. Edi Triyanto, S.Ag., S.Pd., M.Pd. | 2019 – 2023 |
| 11. | Drs. Muhammad Wahdan Zani | Mulai 2023 |
